На сервере последнее время бывает скачет пинг. Захожу в процессы и очень грузит машину процесс rotate. С чем это может быть связано?
Не обязательно. Эта служба архивирует логи апача. Возможно файл логов большой. Вот и грузит проц при бэкапе логов апача. Останови апач и её. Почисти логи апачу и опять старт их обоих. Можешь эту процедуру на крон повесить. Пусть раз в сутки это делает.