MySQL 5.6 + PHP 5.X

Имеем:
Виртуальная машина с CentOS 6.7
С MySQL 5.5 server + MySQL 5.1 client
PHP 5.4 common

Требуется
MySQL 5.6 + PHP 5.4

Проблема:
-только эта ос
-да, обязательно 5.6

САБЖ: сношу 5.5, 5.1, зависимостями слетает еще и php-mysql 5.4, после установки mysql community server 5.6 пакет php-mysql не ставится, ругаясь на присутствие либы от mysql 5.1

Варианты?

Честно, слабо понял проблему... После переустановки php 5.1 на 5.4 пропадает расширение mysql_*?
Если так, то советую проверить конфиг php.ini ну и доставить расширение, если оно реально отсутствует.
А по совести советовал бы использовать mysqli_* или вовсе PDO

После удаления пакетов mysql 5.5 и mysql 5.1 слетает пакет php-mysql, повторная его установка после накатки пакетов mysql 5.6 заканчивается ошибкой.

Могу ошибаться, но, возможно, корень ошибки может ещё крыться в версии php. Хотя, это, конечно странно. Пакет php-mysql имеет к самой mysql достаточно посредственное отношение. Он должен иметь отношение непосредственно к php. Попробуйте изменить порядок действий.
Например снесите mysql вовсе, установите все необходимые модули и расширения на php, включите их в конфиге и проверьте на подключение к какому-нибудь удалённому или вовсе выдуманному хосту. Проверить на наличие ошибок работы именно модуля подключения. А потом поставьте mysql нужной версии.

php-mysql напрямую зависит от библиотеки на си для связи php модулей и самого mysql, где и что это за библиотека, один черт знает, да и просто так либы не заменишь в системе =(

Собери вручную всё